Les menaces qui pèsent sur la vie sauvages sont nombreuses : destruction de leur habitat naturel, pollution, braconnage…
Le gouvernement a ainsi porté 54 types de mammifères et 60 types d'oiseaux sur la liste des espèces en danger, alors que plusieurs espèces comme le tapir et le rhinocéros de Sumatra sont d’ores et déjà éteintes. Parmi les espèces en voie de disparition, on compte les rhinocéros de Java qui ne seraient plus qu’une trentaine.
Sur la liste de ces espèces protégées, on retrouve notamment l'éléphant, le rhinocéros, le tigre, le léopard, l'ours noir, l'ours à miel, le singe au nez retroussé, l'entelle douc, le gibbon unicolore, le singe rhésus, le sérow, l'écureuil volant, le kouprey, le banteng, le cerf, le paon, le faisan, le crocodile, le python, le cobra et la tortue…
Pour certaines, le seul espoir de sauvegarde pourrait être les programmes d'élevage en captivité.